Origenes bol predovšetkým veľkým biblistom, azda najväčším v patristickom období. Ako prvý priblížil Bibliu s mentalitou filológa, pričom sa usiloval predovšetkým o presnosť textu. Rozsiahlym dielom bola jeho Hexapla, synopsa celého Starého zákona, usporiadaná v šiestich stĺpcoch: v prvých dvoch bol hebrejský text a jeho prepis v gréckom písme; ďalšie štyri stĺpce prinášali v tej dobe kolujúce hlavné grécke verzie, LXX, Aquila, Teodotion a Symmachos.

Origenes urobil komentáre, scholie (= krátke poznámky) a homílie na takmer celú Bibliu a zvlášť na Genezis, Exodus, Numeri, Levitikus, Žalmy, Pieseň piesní, Matúša a Jána. Veľká časť týchto diel sa stratila; zostali viac alebo menej široké zlomky a voľné latinské preklady zo 4. a 5. storočia.   

Origenes vysvetlil svoju exegetickú metódu v 4. knihe svojho diela De principiis.

Najvšeobecnejší princíp je ten, že Písmo sa vykladá predovšetkým samotným Písmom. Toto predpokladá, že Písmo možno považovať za celok. Za túto jednotnosť Písmo vďačí jedinej božskej inšpirácii. Origenova doktrína o inšpirácii je neodmysliteľným predpokladom pre pochopenie jeho exegézy. Svätí pisatelia boli inštruovaní samotným božským Logom, mali duchovnú skúsenosť, čo sa týka božských a spásnych tajomstiev, ktoré potom vyložili v symbolickej forme literárneho zmyslu. „Litera“ je teda len obrazným vyjadrením spirituálnej skúsenosti, ktorú svätí pisatelia mali s božským Logom. Preto je maximálne zohľadňovaná.

Takýto dvojitý zmysel biblického textu, literárny a duchovný, vskutku obsahuje tri úrovne, pretože zahrňuje aj morálny zmysel. Toto rozdelenie na tri časti nie je len v texte, ale sa reprodukuje aj v čitateľovi/poslucháčovi, podľa antropologickej schémy. Dá sa teda povedať, že v Písme je telo (= litera), duša (= morálny zmysel) a duch (= duchovný zmysel). Analogicky možno čitateľov/poslucháčov rozdeliť do troch kategórií: jednoduchí, ktorí zostanú stáť pri litere Písma, pokročilí, ktorí si z Písma vezmú morálne poučenie; dokonalí, ktorí dospejú k pochopeniu božských skutočností.

„Za cestu, ktorá sa nám javí správna v čítaní Písma a v hľadaní jeho zmyslu, považujeme tak tú, ktorej nás učia samotné Písma. V Šalamúnových Prísloviach sa hovorí o božských príkazoch: Zapíš si ich tri razy do vôle a rozumu [...] Treba teda zapísať tri razy do vlastnej duše myšlienku Svätých písiem. Jednoduchí nájdu poučenie z toho, čo môžeme nazývať telo Písma, čiže zrejmý zmysel; tí však, ktorí sú už trocha pokročilí, budú čerpať takpovediac z duše Písma; a tí, ktorí sú dokonalí, a podobajú sa tým, o ktorých apoštol hovorí: Medzi dokonalými hovoríme veci múdre... (1Kor 2,6-7); tí budú požívať z duchovného zákona, ktorý obsahuje tieň budúcich dobier. Ako sa človek skladá z troch častí, tela, duše a ducha, tak je Písmo dané Bohom na spásu ľudí.“

Tento vzťah medzi textom a čitateľom/poslucháčom nie je však koncipovaný staticky, ale dynamicky. Poslucháč/čitateľ sa má nechať zatiahnuť Božím slovom do procesu premeny, ktorý je putovaním duše smerom k dokonalosti, keď duša po zanechaní hriechu postupuje v poznaní až po plné spoznanie božského Loga v dokonalosti lásky. Preto zoči-voči biblickému textu si Origenes kladie dve základné otázky: Aká je náuka božského Loga, a teda zámer Ducha Svätého, daná skrze tento literárny zmysel? Ako možno tento význam aplikovať na dnešného čitateľa/poslucháča? Všimnime si, že pre Origena vždy existuje duchovný zmysel, zatiaľ čo literárnemu zmyslu nie vždy zodpovedá historická skutočnosť; vskutku v Písme okrem jasne obrazných odsekov existujú aj také, pre ktoré predpokladať historickú skutočnosť je veľmi problematické, ako napríklad začiatok knihy Genezis; napokon sú tu úryvky, ktoré, ak ich berieme doslovne, sú absurdné.

„Litera“ teda sama o sebe „zabíja“, zatiaľ čo Duch oživuje. „Duchovné“ čítanie Písma (lectio divina) je potrebné nielen pre Starý zákon, ale aj pre Nový zákon: ak Bibliu čítame „telesným“ spôsobom, celá sa stane „zákonom“, keď ju čítame duchovným spôsobom, celé Písmo sa stane evanjeliom.   

Záverom, úloha exegézy podľa Origena je hlavne praktická a duchovná: je zameraná na uzdravenie duše od hriechu a na jej pokrok smerom k dokonalosti, ktorá sa chápe ako účasť na božskom Logu, ktorého náuky sú duch a život.

Nakoniec netreba zabudnúť na kontext, v ktorom Origenes praktizuje svoju exegézu. Vskutku čitateľ/poslucháč Písma neprijíma náuky Loga v abstraktnej a filozofickej izolácii, alebo v školských aulách, ale v Cirkvi, prostredníctvom jej sviatostí a tradície. Toto chráni pred upadnutím do sektárskej a skreslenej exegézy, ktorá je typická pre heretikov (gnostikov a marcionitov).