Najvýznamnejším Origenovým teologickým dielom, ktoré vyvolávalo živé diskusie počas známych kontroverzií, je Peri Archon alebo De principiis, syntetické dielo, ale neuzavreté do určitého systému.

V prológu Origenes vysvetľuje svoju teologickú metódu; knihy 1 – 3 sa týkajú Boha Otca, Syna a Svätého Ducha, duše a sveta; v knihe 4 Origenes vysvetľuje svoju doktrína o biblickej inšpirácii a princípy svojej exegézy.

Žiaľ, zachovalo sa nám len niekoľko strán z gréckeho originálu, a navyše v nepriamej tradícii (ide o výpisky, ktoré čítame v dielen Filocalia od Bazila Veľkého a Gregora Teológa). Ako celok sa dielo De principiis zachovalo len vo voľnej latinskej verzii, ktorú vytvoril Rufín.

Origena netreba čítať ako systematického autora, pretože je viac mystikom než logikom: to znamená, že Origenes mieri k Bohu ako „nespoznateľnej skutočnosti, ku ktorej sa otvárajú rozličné cesty. Odtiaľ pochádza antitetická štruktúra jeho ducha“ (H. Crouzel). Preto treba maximálne rešpektovať odtiene, váhania, stanoviská, ktoré sa zdajú protirečivé, ako napríklad ohľadom vzkriesenia (telesné alebo netelesné?) a apokatastasis.

Normy teologického bádania.

V prológu do De Principiis Origenes vykladá normy, ktoré majú viesť každú korektnú teologickú reč. Prameňom teologickej vedy nemôže byť nič iní ako „Kristove slová a doktríne“, totiž Sväté písmo: celé Písmo, a nielen Ježišove slová prinesené v evanjeliách, vďačí za svoj vznik pôsobeniu božského Slova. Avšak „medzi tými, ktorí vyznávajú, že veria v Ježiša Krista, sú rozdielne názory, nielen v malých a málo dôležitých veciach, ale aj o závažných a dôležitých problémoch, totiž o Bohu, o našom Pánovi Ježišovi Kristovi, o Svätom Duchu, a nielen o nich (....)“. Všetci títo „vznášajú nárok, že majú pravú myšlienku o Kristovi“. Preto „je potrebné stanoviť fixné a presné pravidlo na všetky tieto body“. Teraz, „pretože cirkevné učenie, odovzdané apoštolmi podľa poriadku legitímnej postupnosti, sa uchováva až dodnes v Cirkvách, musí sa prijímať ako článok viery len to, čo sa nevzďaľuje v ničom od cirkevnej a apoštolskej tradície“. 

Avšak apoštoli vyjadrili jasne len potrebné články, „pričom nechali úlohu vyhľadať ich hlboké príčiny tým, ktorí prijali od Svätého Ducha vynikajúce dary slova, múdrosti a vedy. Apoštoli sa uspokojili s ohlásením zvyšku, bez vysvetlenia ich príčiny a spôsobu, aby nechali svojim potomkom, zanieteným pre štúdium a milujúcim múdrosť, matériu, v ktorej môžu plodne cvičiť svojho génia“.

Origenes tu rozlišuje jasne medzi predmetom viery, ktorý je obsiahnutý v apoštolskom kázaní (= krstné krédo), a predmetom teologickej vedy, ktorý sa týka hlbokých príčin, alebo ďalšie otázky, ktoré sú späté s článkami viery.

Keď chce priniesť príklad ohľadom Svätého Ducha po tom, čo povedal, že „apoštolská tradícia pripája k Otcovi a Synovi, v úcte a dôstojnosti, Svätého Ducha“, Origenes si kladie nasledovnú sériu otázok: „Či sa [Svätý Duch] zrodil alebo nie, či aj jeho treba považovať za Božieho Syna alebo nie, toto nie je jasné. Ide o otázky, ktoré treba vyriešiť pozorným štúdiom Svätého písma a usilovným  uvažovaním“.

Analogicky si Origenes kladie otázky ohľadom individuálnej eschatológie, slobodnej vôle, pôvodu duše, existencie a prirodzenosti démonov, jedinosti sveta, inšpirácie a duchovného zmyslu Svätého písma, netelesnosti Boha, existencie, prirodzenosti a času stvorenia anjelov...

Pri dávaní svojich odpovedí si Origenes uvedomuje ich hypotetický charakter; jeho odpovede nikdy nie sú jednoznačné a možno ich podrobiť revízii, keď sa dospeje k lepšiemu pochopeniu biblických údajov a k lepšiemu použitiu uvažovania.

Origenes sa javí v mnohých aspektov odvážny a inovatívny vo svojich teologických návrhoch, ale na druhej strane je oveľa viac zakorenený vo viere Cirkvi než sa myslelo. Origenes si uvedomuje svoju povinnosť kresťanského intelektuála, ktorý musí čeliť obvineniam z ignorancie, ktoré pochádzajú z prostredia vzdelaných pohanov a gnostikov, ale Origenes pozná aj presné limity svojej úlohy teológa: „My, pre jediný fakt, že veríme – akokoľvek priemerne – v Krista Ježiša a chválime sa, že sme jeho učeníkmi, predsa len sa neodvažujeme hovoriť, že sme pochopili z tváre do tváre význam, ktorý nám odovzdal z toho, čo je obsiahnuté v božských knihách, [...], takže sa neodvažujeme presadzovať to, čo hovoríme, ako to mohli apoštoli [...], (pretože) my, čo sa týka týchto veľkých skutočností a všetkého, čo nás prevyšuje, neignorujeme našu ignoranciu“.

Táto Origenova intelektuálna skromnosť, popri jeho silnej láske k Ježišovi Kristovi, sprevádzaná serióznym úsilím o kresťanský život, sú črtami, ktoré robia túto osobnosť veľmi blízkou nám, napriek enormnému kultúrnemu odstupu, ktorý oddeľuje jeho teológiu a jeho exegézu od exegézy v našej dobe.