Dielo tohto Alexandrijčana vyrástlo na úrodnej pôde Biblie. Božie slovo bolo stredobodom jeho myslenia, poznávania a života. Všetko čerpal z neho. Bez sprostredkovania akejkoľvek filozofie Origenes pochopil s ostrosťou, akú azda nikto iný nemá, že Biblia nie je dokument, ale prítomnosť. S láskou nevesty v Piesni piesní hľadal túto prítomnosť, ktorá sa ukrýva a ktorú treba objaviť za každú cenu.

Pre Origena bola Biblia skutočnou sviatosťou Božej prítomnosti vo svete. Ako nikto iný rozlišoval medzi obalom a významom slov. Nikto v staroveku nemal jeho exegetické vzdelanie, ktoré udivuje aj nás dnes. Ale jeho nezaujímalo hrabanie sa v obaloch, ale stretnutie so Slovom, ktoré sa stalo človekom. Tento záujem odôvodňoval a vysvetľoval alegorickú metódu.

Aby bola alegorická metóda plodná, musí brať do úvahy Bibliu v jej súvislostiach s tajomstvom vtelenia. Od jedného konca po druhý hovorí text o vtelenom Slove. Martin Luther ho prirovnal k betlehemským plienkam. Text je vtelené Slovo.

Na preniknutie do textu si vyžaduje viac než len štúdium; potrebná je viera, vytrvalosť, dôvernosť s Ježišom, „mojím Ježišom“, „mojím Pánom“, ako opakovane vravieval Origenes. Za to najdôležitejšie  Origenes považuje modlitbu. „Keď sa zaoberáš božským čítaním,“ napísal Gregorovi Divotvorcovi, „starostlivo a s pevnou vierou v Boha hľadaj to, čo je mnohým skryté, totiž zmysel božských spisov. Neuspokoj sa s klopaním a hľadaním. Na dosiahnutie pochopenia božského nie je nič také dôležité ako modlitba.“

Aj samotná kázeň, podobne ako čítanie Svätého písma, musí byť modlitbou v zmysle hľadania Božej prítomnosti, a to platí tak pre kazateľa, ako aj pre zhromaždenie. Vyžadujú si vnímavosť na živé slovo. Modlitba preniká homílie a komentáre. Zvyčajne je adresovaná Kristovi, ktorého Origenes vzýva ako Kráľa, Priateľa a Ženícha. Svedčí o oddanosti, ktorá je mužská a diskrétna, nežná a zapálená zároveň. Nie je to tak, že jeho mystické výlevy prepletajú jeho komentáre, nie, sú centrom biblického vhľadu, sú ako priznanie intuície, stretnutia.

Božie slovo sa zjavuje ľuďom skrze svoje zostúpenie k nám až po sebazrieknutie, kenózu Kríža. Viera objavuje vo Svätom písme ukrižovaného Krista, ktorého prebodnuté srdce zjavuje svetu nekonečnú veľkodušnosť, v ktorej má svet svoj pôvod a oporu. Tajomstvo ukrižovaného Krista vedie putovanie púšťou a Origena ženie k askéze, ktorá ho ukrižuje.

Božia prítomnosť, ktorá bola kedysi viazaná na kamenný chrám, od vtelenia prebýva v Ježišovom človečenstve, v Cirkvi. Pre Origena má kázanie životnú hodnotu, pretože Kristus v ňom prichádza a hovorí teraz a skutočne k cirkevnej obci, ktoré je zhromaždená v jeho mene. Tento ekleziologický prvok je druhým kľúčom k Origenovmu mysleniu.

Origenes nenapísal traktát o Cirkvi. Myšlienky, ktoré mu ležali na srdci, ktoré tvorili stavebné kamene jeho myslenia, nikdy nevypracoval systematicky; sú však dušou jeho myslenia, prenikli ho všade. Ak sa začnete zaoberať Origenovým myslením, čoskoro na ne narazíte.

Cirkev, hovorí Origenes, je Kristovo telo. „Dotknúť sa Cirkvi znamená dotknúť sa Kristovho tela.“ Krst, ktorý včleňuje pokrsteného do Kristovho tela, chápe ako priamy kontakt s Kristovým človečenstvom. Toto stotožnenie je viac ako presvedčenie, je to životný princíp, je to jeho stredobod života. Kto sa pozorne venuje slovám, môže tu započuť tajomstvo, tlkot Origenovho srdca.

„Chcel by som byť mužom Cirkvi a byť pomenovaný nie po nejakom zakladateľovi herézy, ale po Kristovi a nosiť toto meno, ktoré je požehnané na zemi. A mojou túžbou je, aby som bol nazývaný kresťanom v konaní a myslení.“

„Ak by som ja, ktorý sa zdám byť tvojou pravou rukou, ktorý nosím titul kňaza a mám ohlasovať Božie slovo, porušil učenie Cirkvi a pravidlo evanjelia, takže by som sa stal pohoršením pre teba, Cirkev, nech celá Cirkev jednomyseľným rozhodnutím ma, svoju pravú ruku, odreže a vyhodí.“

Keď tento mystik hovoril o Cirkvi, bol taký realistický a používal taký prekvapivo drsný jazyk, že slabí by sa mohli pohoršiť. Za touto drsnosťou sa skrýval zápal, ktorý ho pohlcoval. Cirkev prirovnával k Rachab, k Márii Magdaléne, hriešnici. Cirkev je svätá len preto, že neustále zmýva svoje hriechy krvou Ukrižovaného.

Toto učenie o Cirkvi nemá nič ezoterické; vždy má univerzálny, kozmický rozmer. Týka sa celého stvorenia. Slovo je dušou sveta, pôsobí a tvorí na všetkých úrovniach vesmíru. Vykúpenie vytvára spoločenstvo medzi všetkými sférami stvorenia. Anjeli sú oddaní ľuďom, zúčastňujú sa na modlitbe Cirkvi.

S nezvyčajným kozmickým povedomím sa Orignes modlil za premenu sveta; modlil sa, aby sa samotná zem stala nebom vo všeobjímajúcom zhromaždení a premení. V tomto zmysle Origenes vykladal zjednotenie novej Evy s novým Adamom, Ezechielovu videnie o kostiach, večnú Veľkú noc, keď bude Kristus s nami piť nové víno.

Na tajomstve prítomnosti Boha a Krista v Biblii sa zúčastňujú všetci veriaci ako členovia Kristovho tela. Človek je od stvorenia nakreslený na Boží obraz. „Všetko, čo je obdarené rozumom, má účasť na tomto svetle.“ Duša je miestom voľby. Tak ako Cirkev, aj človek je hriešnik a svätec, trhaný medzi pádom do hriechu a obrátením.

Jeho cesta k Bohu, jeho extáza, je zároveň cestou do stredu jeho bytia. Viera pred ním drží obraz Logosa a umožňuje mu vidieť Krista. Umožňuje mu objaviť v ňom raj, v ktorom vládne Boh. „Takto každý spravodlivý, ktorý napodobňuje Spasiteľa podľa svojich najlepších schopností, predstavuje umelecké dielo na obraz Stvoriteľa. Dosahuje to tým, že hľadí na Boha s čistým srdcom, že si berie Boha za svoj vzor... Takto Kristov Duch, ak to tak môžem povedať, prebýva v jeho obrazoch.“

Keď Origenes použil obrazy svetla, hlasu, vône, pokrmu, ktorý nás premieňa na Boha, a napokon obraz manželstva, osobného zjednotenia v extáze, mal na mysli viac než prítomnosť, mal na mysli mystické zjednotenie. Ono umožňuje vyniknúť obetnému charakteru kresťanského života. Pripodobnenie Kristovi sa uskutočňuje postupne v ohni, ktorý je čistý a očisťuje obetu, v Kristovom tele.

Táto vnútorná obetavosť, toto obnaženie všetkého bytia, ktoré sa teraz stáva bohatstvom obety, bude zavŕšená v nebi, keď celé telo, dorastené do svojej plnej zrelosti, kĺb po kĺbe, úd po úde, zhromaždené spolu, bude spievať pieseň jasania a vzdávať vďaky Bohu. Vtedy sa celé stvorenie premení v chvále a vďakyvzdávaní. „A to je celá teológia.“

Každý, kto číta Origena, je očarený kúzlom, ktoré ho preniká nepostrehnuteľne, neodolateľne. Všetci, ktorí s ním prišli do kontaktu, si odniesli pečať tohto „muža z ocele“ (Adamantius), ako ho nazývali. Kapadóčania ako prví prevzali jeho odkaz. Hilár ho nasával, Ambróz ho kopíroval, Augustín bol od neho závislý. Hieronym ho vyťažil predtým, ako ho začal nedôstojne prenasledovať. Nasledujúce storočia boli schopné uskutočniť proces proti nemu, ale všetci žili z pozostalosti po ňom.

Je ťažké preceniť muža, ktorý podľa slov Hansa Ursa von Balthasara bol „vyhňou“, „v ktorej sa dvesto rokov po Kristovej smrti a dvesto rokov pred Augustínovou smrťou kula kresťanská teológia“.