Irenej mal klasické vzdelanie. Poznal pohanských básnikov a filozofov. Môže sa pri ňom vyskytnúť, že cituje Homéra, a nie len raz. Ale pred profánnym myslením sa mal na pozore, nebolo domovom jeho duše. Videl v ňom živnú pôdu gnózy, ktorej nebezpečenstvo vyhodnotil lepšie ako ktokoľvek iný. Predovšetkým bol mužom Cirkvi. V jeho očiach platilo len poznanie, ktoré načerpal zo Svätého písma a Tradície, u bezprostredných svedkov. Preto si jeho spisy zachovali niečo z pôvodnej sily prameňa.

Zachovali sa nám len dve knihy: „Proti herézam“ (Adversus haereses) a „Výklad apoštolského kázania“ (Demonstratio apostolicae praedicationis), a to len v prekladoch. Z gréckeho originálu nám zostali len zlomky.

Kniha „Proti herézam“, ktorej plný názov znie „Odhalenie a vyvrátenie predstieranej, ale falošnej gnózy“, je naviazaná na jednu z najvážnejších kríz, ktorým musela čeliť Cirkev v staroveku. Gnóza je v prístupe pokus o reflexiu učenia viery. No gnostici sa neuspokojovali s hlbším prenikaním, ale preparovali Zjavenie ako základ náboženského poznávania a miešali ho s pohanskými filozofickými témami a orientálnymi kultovými prvkami. Takto vypracovali odvážne teologické systémy, mnohokrát upravené, a vynakladali všetko na to, aby kresťanstvo podriadili duchu doby.

Markion, dobrodružný a nebezpečný duch, postavil proti spravodlivému Bohu Starého zákona, ktorého sa raz a navždy zriekol, dobrého Boha zjaveného Kristom. Valentín rozvíjal dualizmus, ktorý oddeľoval svet a Boha. Gnostická literatúra bola prvou kresťanskou teologickou literatúrou. V období, ktoré nás zamestnáva, bola oveľa obsažnejšia než ortodoxná literatúra. Zahŕňala všetky oblasti, prejavila sa v apokryfoch a dokonca aj v poézii. Hrozilo, že gnostická potopa všetko odplaví. Odkedy bola v roku 1945 objavená knižnica gnostických diel na severozápade Nag Hammádí v Egypte, senzačná ako knižnica v Qumráne, avšak s menším rozsahom, môžeme ešte lepšie ako predtým posúdiť rozsah tejto literatúry, ktorá ohrozovala Cirkev. Môžeme na tom tiež posúdiť, ako dôkladne a objektívne sa informoval Irenej, ktorý s plným poznaním tejto veci hovoril o rôznych gnostických systémoch.

Do Lyonu prišiel jeden z najnebezpečnejších gnostikov, Markus. Tento mysliteľ bol zvodca, ktorý zneužíval mystické sklony a ovplyvniteľnosť Lyončanov. Pod zámienkou podelenia sa o mystickú iskru si dovoľoval krajné dôvernosti. Rozčarovaní kresťania sa vracali do Cirkvi a vyznávali svoj hriech, zatiaľ čo iní „sa preto hanbia, potichu sa stiahnu a vzdali sa nádeje na život pri Bohu“, ako trochu uštipačne dodal Irenej.

V tejto rozhodujúcej hodine bol lyonský biskup čímsi ako svedomím Cirkvi. Začal predstavovaním gnostických náuk (školy Valentína, Marka, Šimona Mága a ich odnoží), potom ich vyvracal v mene rozumu a pravdy zdedenej od apoštolov a spečatenej v evanjeliách. Päť kníh na seba nadväzuje bez akéhokoľvek vopred premysleného plánu, Irenej pokračoval revíziami a dodatkami.

Irenej upiera autoritu hlavám škôl. Neučia prijatú pravdu, ale výplody svojho vlastného ducha. Cirkev a biskupi nezakladajú svoju autoritu na svojej osobnej hodnote, ale na úrade, ktorý im bol zverený, a na vernosti Tradícii, tradičnej viere.

Oproti záplave siekt Irenej rozvíja jednotu viery, jednotu plánu spásy. Namiesto toho, aby ako gnostici odsúval židovské dejiny, Irenej z nich vyzdvihuje úžasnú jednotu, v ktorej je ľudstvo, krok za krokom vytrhávané z hriechu, priťahované k Bohu. V Kristovi Boh privádza svoje dielo k naplneniu. „Otec sa nazýva dobrý a rozkazuje, Syn mu pomáha a dáva formu, Duch živí a dáva rast, no človek postupne napreduje a stúpa k dokonalosti, čiže približuje sa k Nestvorenému.“ Myšlienka vývoja, ktorej bol tak veľmi naklonený John Henry Newman, zaujímala ústredné miesto v Irenejovom myslení.

Druhé dielo, „Výklad apoštolského hlásania“, sa stratilo. Znovu sa našlo až v roku 1904 v arménskom preklade. Ide o akýsi druh katechizmu, bez polemiky, ktorý predkladá obsah kresťanskej viery a opiera sa o dôkazy zo Svätého písma. Stupne dejín spásy sú v tomto diele opísané jednoducho, bez prikrášľovania a okolkov.

Diela, ktoré sa nám zachovali, dovoľujú urobiť uzáver o tomto človeku: je to spravodlivý, vyvážený duch, naskrz čestný, ktorého si každý váži, aj keby bol jeho protivníkom. Do svojho vyvracania gnosticizmu nemieša žiadnu vášnivosť, žiadne nepriateľstvo. Vie odlišovať človeka od jeho omylu. Je to pastier, starostlivo bdie nad svojím stádom. Či jedného dňa nenapísal tieto znamenité slová: „Boh bez dobroty, to nie je možné“? Z pastiera má zmysel pre mieru, bohatstvo učenia, apoštolský zápal. Z jeho osoby vyžaruje čosi zo svätého apoštola a evanjelistu Jána:  vrelosť, zadržaná vášnivosť, oheň, ktorý sa prejavuje menej vo výrečnosti ako v činoch, zmysel pre podstatné a k tomu bystré oko, ktoré vypozoruje prvé trhliny v murive.

Irenej písal jednoducho a vecne. Občas sa ho zmocní vzrušenie, jeho tón sa vznáša až k výrečnosti. Svoj komentár k štvrtej kapitole Skutkov apoštolov ukončuje takto: „To sú hlasy Cirkvi, z ktorej má pôvod každá cirkev; to sú hlasy materského mesta občanov novej zmluvy; to sú hlasy apoštolov, to sú hlasy Pánových učeníkov, týchto skutočne dokonalých ľudí, ktorí svoju dokonalosť prijali od Ducha!“

Vnútorného človeka je ťažšie rozpoznať. Irenej pochádzal z tej Ázie, kde prekvitali charizmy. Tento biskup žil v duchovnej klíme, ktorá prialo mystickému rastu vyhliadkou na mučeníctvo. Irenej poznal tváre tých, ktorí dosvedčili svoju viere v Lyone. Preto list, v ktorom sa bratom v Ázii a Frýgii rozprávalo o ich obdivuhodných činoch, možno pripísať Irenejovi. On mal záľubu v  mimoriadnych prejavoch Ducha. Tento vyvážený biskup bol skutočne chiliastom, veril v blížiace sa Kristovo kráľovstvo pokoja, ktoré bude jestovať 1000 rokov.

V diele „Proti herézam“ je text opakovane prerušovaný modlitbou. Je to ako spontánny vzruch duše, nečakané otvorenie sa. Vo všeobecnosti Irenej nesmelo skrýva žeravé uhlíky pod popolom. Jeho mystické skúsenosti pramenia z existenciálnej viery, ktorá sa vyslovuje pred Bohom. Skúšky a súženia utíchajú, keď sa obracia k Bohu svojej viery.

Irenej nepíše, aby heretikov roztrhal na kusy, ale aby zanechali bludy, „aby sa obrátili k Božej Cirkvi a aby v nich nadobudol podobu Kristus“. Nejde o to, aby ich zahanbil, ale aby im ukázal Krista viery. Pripája poznámku, v ktorej sa prezrádza jeho duša: „Pokúsme sa teda zo všetkých síl a bez nechuti podať im ruku.“ Túto knihu vyvrátenia napísal v Božej prítomnosti; je to predovšetkým vyznanie Boha Abrahámovho a Boha Ježiša Krista, za ktorého bol pripravený obetovať svoj život. Tým, že kresťana definoval ako „živú Božiu slávu“12, charakterizoval seba samého.

Irenej dnes zažíva druhú žatvu. Právom. Máloktorý kresťanský spisovateľ prvých storočí zostal taký mladý a časom bol chápaný čoraz lepšie. Nepodobá sa Irenej amfore, o ktorej hovorí, preplnenej vôňou, ktorá ju napĺňa? Máloktorý teológ dokáže vrhnúť toľko svetla ako on na niektoré zásadné problémy, ktoré pred nás stavia naša doba. Nešetrí nás povinnosti odpoedať  na naše otázky, no jeho myslenie podnecuje naše uvažovanie a kreslí nám brázdu.

Stačí uviesť niekoľko príkladov. Vzhľadom na gnostikov, ktorí odmietali Starý zákon, Irenej dospel k rozvíjaniu teológiu dejín. Namiesto toho, aby staval oba zákony proti sebe, snažil sa zdôrazniť pedagogickú hodnotu zákona, židovských predpisov. Oba zákony zodpovedajú dvom etapám ľudských dejín. Zákon nás privádza k evanjeliu. Irenej vysvetľuje, že správca, Pán, dáva sluhom, ktorí ešte neboli vychovaní, zákon, ktorý im prináleží, no deťom, ktoré sú ospravedlnené vierou, dáva predpisy, ktoré im prináležia, otvára im dedičstvo.

Medzi jednou a druhou históriou spásy existuje nielen súlad a jednota, ale aj postupnosť. Takto sa uskutočňuje plán spásy, ktorý je zrejmý od počiatku sveta, keďže Boh „bohato obdarúva človeka “ a vedie ho jednotlivými stupňami prisľúbenia až k naplneniu tohto prisľúbenia v Ježišovi Kristovi. Ježiš Kristus je v jednom zavŕšením, „rekapituláciou“ celých dejín a anticipáciou všetkých proroctiev.

Kristus dobehne neúspešný projekt prvého človeka. Tým je Kristus novým Adamom, archetypom kresťana. Irenej rozvíja antropológiu, v ktorej sa Boží zámer ukazuje ako v zrkadle. Človek, oživené telo, ktoré je ovládané dušou, je vytvorený podľa božskej podoby Duchom Svätým. „Teraz prijímame časť Ducha, ktorý nás zdokonaľuje a pripravuje na neporušiteľnosť a postupne nás privyká na, aby sme prijali Boha.“14

Gnostici popierali telesné vzkriesenie. Irenej vysvetľuje, že na vzkriesení sa zúčastní celé dielo stvorenia, aj samotné telo, cez ktoré je človek spojený s hmotou; nie zničenie tela, ale spoločenstvo s duchom, nie zničenie hmoty, ale jej premenenie. V Eucharistii Irenej vidí sviatostný symbol a závdavok tejto udalosti, ktorá privedie človeka a stvorenie - s ktorým človek zostáva solidárny, či už v sláve alebo v páde – k ich naplneniu.

Dalo by sa uviesť mnoho príkladov, ktoré by preukázali bohatstvo myšlienok a široký záber, ktorý sa otvára uvažovaniu. Nijaký biskup jeho doby nemal taký vplyv na kresťanské spoločenstvá ako Irenej. Myšlienky, ktoré zastával, sa previedli do vlastníctva celej Cirkev. Jeho výklad dejín predbehol svoju dobu. Je prorokom teológie dejín.

Na Irenejovi, podobne ako v novšej dobe na Johnovi Henrym Newmanovi, je nápadná uskutočnená jednota medzi vnútornou osobnosťou a učením. Pôsobivý je ľudský aspekt jeho viery, jeho láska k heretikovi, ktorého sa nesnaží ani tak presvedčiť o jeho omyle, ako skôr priviesť späť k viere. Irenej je majstrom pravého ekumenického dialógu.

Irenej je súčasne prorokom minulosti i budúcnosti. Jeho zakorenenosť do prijatej pravdy mu dovoľuje byť odvážnym a prináša teologické intuície, z ktorých žijeme aj dnes. Možno práve on, ktorý bol taký citlivý na to, čo je skutočné a čo znie pravdivo, je prorokom prítomnosti pre našu dobu, ktorá všetko spochybňuje.